زندگی پنهان زنبورها، داستان لی‌لی اوئنز است که خاطره‌ی مرگ مشکوک مادرش در بعدازظهری در کودکی لی‌لی، بر تمام زندگی او تأثیر گذاشته است. وقتی دایه‌ی خشن لی‌لی به سه نفر از نژادپرست‌ترین افراد شهر اهانت می‌کند و به خاطر آن به زندان می‌افتد، لی‌لی تصمیم می‌گیرد او و خودش را به هر شکل آزاد کند. بعد از فرار، پیش سه خواهر سیاه‌پوست زنبوردار در شهری در کارولینای جنوبی پناه می‌گیرند‌ و...